二零九二年的夏天，司波深雪與母親和哥哥來沖繩旅行。出生於魔法名門，將來被寄予厚望的她，有一個不擅長面對的人，那就是哥哥司波達也。然而與哥哥的關係，還有她對哥哥的心，所有一切將由於這個夏天而逐漸改變…

　　魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波

深雪的同班同學北山雫，前往USNA（北美利堅大陸合眾國）留學了。在這個時代，為了避免遺傳基因——即軍事資源外流，政府限制高階魔法師出國。雫能夠一反禁令獲准的原因，在於「交換留學」制度。安潔莉娜．庫都．希爾茲。這名金髮碧眼的留學生，取代遠赴美國深造的雫，前來就讀魔法科高中。達也看見她的瞬間，就察覺到她的「真面目」。莉娜的真實身分，是匹敵大規模破壞兵器的戰略級魔法師「十三使徒」之一，USNA魔法師部隊「STARS」總隊長——安吉．希利鄔斯少校。美軍最強的魔法師來到魔法科高中。達也將如何排除這個「火種」

救救我們……！少女的心願，託付給了最強的劣等生。季節更迭，再過不久就是第二個春天——。劣等生哥哥與優等生妹妹，他們倆在魔法科高中的生活，第一學年即將結束。達也與深雪等人，利用春假期間到小笠原群島上的別墅度假，他們在這短暫的休息時光過得無拘無束。然而，此時突然有個名叫「九亞」的少女出現在他們面前……

西曆2095年，魔法不再是一種虛無縹緲的幻想，而是一種已經應用了近一個世紀的科學技術。專為培育魔法技能師養成學校之一 ── 國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」的這所學校迎來了一對兄妹的入學。哥哥是凡事看開的後備遞補「二科生」，而妹妹則是對兄長有著超乎血親感情的成績優秀「一科生」。隨著兩人的入學，波瀾萬丈的生活也即將展開。