2050 年代初，突然出現的未知生命體「神諭細胞」開始捕食地球上的各種對象。將一切吞食殆盡，身為凶暴的生命體完成了多樣變化的這一存在，不知何時開始被人們心懷畏懼地稱作「荒神」。 現有的兵器在荒神面前毫無效果，都市文明崩壞，人類的生命圈逐漸被奪走。此時，一線光明照向人類。埋入神諭細胞的生體兵器「神機」被開發出來，操縱它們的特殊部隊，通稱「噬神者」也被編成。凶暴的諸神肆虐的世界中，「吞噬神之人」的無望之戰揭開帷幕。

春天，誠凜高中籃球社正迎接新進社員。主將日向和教練里子最關注的，是從美國回來的大個子火神大我，以及畢業於國中籃球界王者帝光國中的黑子哲也。在小比賽裡，火神馬上展現出壓倒性的存在感以及天賦的才能。另一方面，黑子的存在感則薄弱到沒有人注意到他的存在。但是黑子其實擅長利用自己的低存在感，使用misdirection的手法，傳出看不見的傳球，原來他就是帝光國中「奇蹟世代」的夢幻第六人！

　　1989年，日本。　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯

继承了利世的赫子，最初无法适应身为喰种的自己，在被“青铜树”抓走，随后与万丈的出逃计划失败并被壁虎抓走折磨时，黑发变为白发，在理解了自己喰种的本性后黑化将壁虎打成残废，并吞噬其赫子。成长为真正的喰种，

在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。　　他们的诞生理由各有不同。　　既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。　　既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。　　既有被科学家