故事发生在千叶县鸭川，京乃圆（石原夏织 配音）是一位平凡的十七岁少女，就读于私立鸭川女子高中。生性活泼善良的京乃圆喜欢帮助他人，因此成立了名为“Jersey部”的团体，虽然京乃圆是这个团体里的唯一成员，然而，能够一步一步实现自己的理想，京乃圆感到十分幸福。　　一次偶然中，京乃圆邂逅了名为兰（濑户麻沙美 配音）的神秘少女，尽管兰个性冷静沉默，但在她的身上，京乃圆还是感受到了和自己相似的气息。就这样，兰成为了京乃圆的同伴。之后，名为麦波（茅野爱衣 配音）的转校生亦加入了京乃圆的团体，当三人相聚之时，命运的

​在海明星上住着的高中一年生加藤茉莉香。某天，她发现原本以为已经亡故的父亲，实际上到最近为止都一直活着，而且还是宇宙海盗船“弁天丸的船长”。弁天丸要进行海盗活动所必须的是继承了“私掠船准许”的直系亲族茉莉香。于是以她成为船长为条件，将亡父的遗物弁天丸一起交给了她，穿着迷你裙的女子高中生兼宇宙海盗船船长的生活就这样拉开了序幕。

　　在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器