故事发生在虚构的未来世界，彼时，人类因为疏忽和大意而失去了制海权，海洋，成为了人们可望而不可即的所在，盘踞在那里的，是一股名为“深海栖舰”的强大势力。为了同这股势力抗争，一群名为“舰娘”的女孩子们

2050 年代初，突然出現的未知生命體「神諭細胞」開始捕食地球上的各種對象。將一切吞食殆盡，身為凶暴的生命體完成了多樣變化的這一存在，不知何時開始被人們心懷畏懼地稱作「荒神」。 現有的兵器在荒神面前毫無效果，都市文明崩壞，人類的生命圈逐漸被奪走。此時，一線光明照向人類。埋入神諭細胞的生體兵器「神機」被開發出來，操縱它們的特殊部隊，通稱「噬神者」也被編成。凶暴的諸神肆虐的世界中，「吞噬神之人」的無望之戰揭開帷幕。

故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜HEAVENANDEARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的

　　沃斯帝国公主艾瑟依拉姆·薇瑟·艾莉欧斯亚（アセイラム・ヴァース・アリューシア）以亲善大使的身份访问地球，在其身后目送其离开的则是于地球出生而在火星上长大的少年斯雷因·特洛耶特（スレイン・トロイヤー

在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。　　他们的诞生理由各有不同。　　既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。　　既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。　　既有被科学家