由于不断扩大的“雪海”，大地几乎消失的异世界——　　人们在巨树“轨道树”的根部和从顶部延伸出来的“天膜”上勉强度日。　　天膜的少年卡纳和地上的少女莉莉哈相遇的时候，　　改变这个即将毁灭的世界的故事，开始了——

西曆5012年。人類遭到了外星人派出的機械生物侵略，面臨滅絕危機。人類被逼移至月球，並建造人造人部隊以奪回地球。然而，地球上的機械生物不斷繁殖，戰爭陷入僵局。於是，人類部署了新型的人造人部隊「寄葉」作為最終武器。被派往地球的2B與9S匯合，一起執行任務。過程中，他們遇到了許多的令人費解的現象…

「巨獸」創造了大地，人類卻霸佔了大地，「巨獸」為報復人類，開始吞食人類，而人類不敵「巨獸」，只能呼喚「神」與它們戰鬥，一個充斥着劍、英雄及神話時代由此誕生。人類通過獵殺「巨獸」漸漸繁榮起來。以狩獵巨獸維生的吉羅遇見了不知被何者追趕的庫彌為了拯救她，吉羅拋開過去的悲傷，開始了一場解開世界秘密的冒險。