由於陸地被不明生物「魔甲蟲」佔領，人類只能住在空中的浮遊都市裡。唯一能跟「魔甲蟲」對抗，只有名為「空戰魔導士」的魔法師。彼方·英司原本是浮遊都市「密斯特崗」的優秀空戰魔導士，卻因為不明原因轉為後方支援科的人員，還被視為叛徒。某天，英司被任命為最差三人小隊「E601小隊」的教官，四個人與魔甲蟲的戰鬥就此開始！

《出包王女第四季》被梨斗所吸引的菈菈的妹妹梦梦，开始进行成就自己恋情的“乐园计划”。另一方面，盯上梨斗的杀手·金色暗影的妹妹黑咲芽亚，以及操纵着她的涅墨西斯，正进行着干涉金色暗影的“DARKNESS计