距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。

由於陸地被不明生物「魔甲蟲」佔領，人類只能住在空中的浮遊都市裡。唯一能跟「魔甲蟲」對抗，只有名為「空戰魔導士」的魔法師。彼方·英司原本是浮遊都市「密斯特崗」的優秀空戰魔導士，卻因為不明原因轉為後方支援科的人員，還被視為叛徒。某天，英司被任命為最差三人小隊「E601小隊」的教官，四個人與魔甲蟲的戰鬥就此開始！

請到前輩燈里同乘，小愛今天也努力練習貢多拉。這時，燈里在運河交錯的貢多拉上，看到了藍華與愛理須的身影。升上無手套領航員後，三人就因為工作忙碌幾乎見不到面。 雖然時間不長卻依然得以見面的「奇蹟」，讓燈里想起過去發生的事情，並且對小愛述說起來。那是在艾莉西亞仍極為繁忙的現役時代，發生於她生日時的事情...