蜂之妖怪远去，不死鸟的妖怪则是逃过一劫的暑假结束了——迎接新学期的阿良良木历和少女们，怪异，甚至是比这还可怕的威胁悄然地接近他们。羽川翼、八九寺真宵、神原骏河、千石抚子、忍野忍，以及战场原黑仪。她们的

培育只有女性能使用的兵器「Infinite Stratos（IS）」操縱者的學校「IS 學園」裡，聚集了世界各地而來的少女，以 IS 候補生身分，每天努力不懈…但明明是男生，卻能夠操縱 IS 的「織斑一夏」被強制進入「IS 學園」就讀。當然，他的周圍全都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能使用 IS 的男性」感到興趣。一夏波瀾萬丈的學校生活就此展開！？