故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子配音）。绝对不相信有超自然力量

原本是平凡生活中的一天，整個世界發生異變，床主市街上出現大量如同殭屍般的死體，小室孝所就讀的藤美學園也遭到死體的襲擊。為了求生小室孝集結包含青梅竹馬在內的一批人，在這如同地獄般世界中，過去的各種價值觀及法律已毫無意義，為了能在這現實的世界存活下去，人們的自私、黑暗、瘋狂開始漸漸浮現，主角一行人必須拋棄從前所謂的理想，面對殘酷的現實，並在這崩壞的世界求得一線生機...

黑礁第三季动画全集是，是一部描写暴力和犯罪的漫画作品改编的动画，自2002年5月起在「月刊SUNDAY GX」上连载至今一共发行了8卷单行本，根据其改编的两季TV动画分别于2006年4月～6月和10月