《Fate/kaleid liner 魔法少女☆伊莉雅》的故事以伊莉雅為主角，她原本是一個就讀穗群原學園的普通女孩子，有一天自稱人工天然精靈的魔法露比萬花筒之杖突然飛了進來，強制地被繫結契約，成為魔法少女伊莉雅。被萬花筒之杖原持有者的魔術師遠坂凜的命令之下，被迫幫忙回收階級卡片……

收集完八張卡片的伊莉雅等人，原本以為可以快樂地度過所剩無幾的暑假，但突如其來的異常再次打破寧靜的日常。為了營救遭綁架的夥伴，伊莉雅等人冒險進入寒冬時節的冬木市──平行世界，而那裡也是美遊所出生的世界...

动画第2季《Fate/kaleidliner》（魔法少女伊莉雅2wei）将是漫画版《Fate/kaleidliner魔法少女伊莉雅2wei》的内容，紧接第一季，继续讲述自回收卡片作战过后数周以来，伊莉

冷酷無情的邪惡組織參謀，某天遇見了與之對抗的魔法少女，然後對魔法少女一見鍾情了。從此邪惡參謀在策劃統治世界時也不忘買甜點蛋糕送魔法少女吃、在計畫奴役人類時也不忘關心魔法少女、在壯大邪惡組織勢力的同時也不忘和魔法少女打情罵俏。同事來幫忙就扯同事的後腿、部下抓住魔法少女就放走魔法少女，一場最殘忍最傲嬌最悲戚最可愛的正與邪的搞笑戰鬥，在此揭開序幕！

21世紀已過半，世界各國都有英雄，各具特色且擁有超人般的力量！然而日本的英雄「SHY」卻是個極度靦腆怕羞的人，雖然不善於面對眾人、社會的眼光，但還是在苦惱之中努力解救需要幫助的人！

有一天，在地球上突然出现了一个巨大的飞行物，好像要征服地球似的。在世界中敢出来挑战此巨大飞行物的军队等皆被击败了，但只要不去招惹它们皆平安无事。不明飞行物，包括飞行物内的机器人在小镇中悠闲的飞来飞去。