故事发生在名为樱才学院的私立高中。原身为女子学校的樱才学院，迫于男女比例的社会压力，将作为综合学校向社会开放。今年，学校迎来了首批男性学员入学，虽然28:524的男女比例使新入校的男生们感到分外紧张，

和平至上为座右铭的主角樱井智树为中心，他总是梦到一个想不起长相的女孩，直到有天从天而降了一位拥有白色翅膀的女性伊卡洛斯。自称是娱乐用万能天使的她，实际上却是拥有相当破坏力的战略兵器空之女王……在第1期

轉眼間，暑假即將結束，被判定為「無能力者」的上条當麻和自稱為「禁書目錄」的修女茵蒂克絲之間的故事還在繼續。隨著羅馬正教的登場，魔法世界的紛爭延燒到了學園都市，而潛伏在學園都市背後的黑暗也蠢蠢欲動。當科學與魔法交織之時，他們的故事即將展開！

　于一个从未迎接过光明的地方AG(阿帕葛兰多，即琥珀之地)，无论是首都还是人工太阳无法照射到的危险土地，都有着冒险替人们递送信件的邮差。人们称这些时刻赌上自己的性命，排除万难，把寄托着人的“心”的信安