自從與逃離魔法世界的茵蒂克絲相遇後，上条當麻便接二連三地被捲入各式各樣的事件中。在上条不斷試圖解決統治學園都市的「科學」側與「魔法」側之間的衝突時，一群因為與上条接觸而使得命運大大改變的「英雄」們，也將再次挺身與世界對峙。當科學與魔法三度交鋒之時，故事將發生巨大的改變！

　　和我们一起，继续成长的物语。　　阿良良木历的物语结束了。　　以地狱般的春假为开端，　　历经各种因缘际会，　　阿良良木历高中生活最后的一年结束了　　——原本是这么想的。　　但就在毕业典礼结束的第二天

“思春期症候群”。这是在网络上流传，只会发生在青少年身上的神秘事件。“听见某人的心声”也好，“出现两个自己”也好，“遇见某人的未来”也好 ，“谁和谁的人格交换”也好，都是被称为思春期

“这里……是哪儿……”察觉到的时候，桐人不知为什么陷入了庞大的幻想风格虚拟世界。登录前的记忆模糊不清，只得在周围徘徊寻找线索。之后，来到漆黑的巨树“基家斯西达”旁边的他，同一名少年相遇了。“我的名字是

　　身为贵族的儿子却埋头于研究魔术和炼金术的少年蒙莫朗西，　　在巴黎的王立骑士养成学校，身边聚集着布列塔尼公爵的妹妹里什蒙　　等众多的骑士、姬骑士候补，过着慌乱而又充实的每一天。　　但，随着阿赞库尔之