羽濑川拓人，表面上是普通的高中生，实际上却是地图上未记载的魔法使养成机构“学园”的学生、半调子的魔法师。在召唤考试的时候，发生错误，控制失败，召唤出来的是能够在一个晚上毁灭整个国家的兽耳少女。从此，他便被卷入各种骚乱之中……

故事讲述的是从东京都西部被分割出来的这座都市中，“超能力开发”被列为学校课程的一部分。在二百三十万人口中，有八成都是学生，所以被称为学园都市。他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。根据能力不同，可以分为6级，从无能力（Lv0）到超能力（Lv5）。故事的主人公上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，而是他的能力是能够将一切异能效果无效化。他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过着不幸的生

　　新的学期开始了，外表凶狠但内心纯良的少年高须龙儿（间岛淳司 配音）决心利用重新分班的机会一扫往日同学对他的误解。更让他高兴的是，自己即将和暗恋了一年有余的栉枝实乃梨（堀江由衣 配音）成为同班同学。