讲述了“柱”突然出现在地球上，威胁着各种生命。人类对其束手无策并被逼入绝境，此时成为“奥丁”的神向人类伸出了援手。奥丁将女武神“瓦尔基里”以及成为她们羽翼的英灵机作为反抗“柱”的手段授予人类，并宣

为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？

以「惡人們貫徹自我生存方式的物語」為主題，在高度發展卻扭曲的社會中，政治與警力衰退，被稱為「惡玉（アクダマ）」的犯罪者橫行，他們為了保持最符合自己風格的生活，彼此互相較勁自己的犯罪美學。

深雪的同班同學北山雫，前往USNA（北美利堅大陸合眾國）留學了。在這個時代，為了避免遺傳基因——即軍事資源外流，政府限制高階魔法師出國。雫能夠一反禁令獲准的原因，在於「交換留學」制度。安潔莉娜．庫都．希爾茲。這名金髮碧眼的留學生，取代遠赴美國深造的雫，前來就讀魔法科高中。達也看見她的瞬間，就察覺到她的「真面目」。莉娜的真實身分，是匹敵大規模破壞兵器的戰略級魔法師「十三使徒」之一，USNA魔法師部隊「STARS」總隊長——安吉．希利鄔斯少校。美軍最強的魔法師來到魔法科高中。達也將如何排除這個「火種」