和我们一起，继续成长的物语。　　阿良良木历的物语结束了。　　以地狱般的春假为开端，　　历经各种因缘际会，　　阿良良木历高中生活最后的一年结束了　　——原本是这么想的。　　但就在毕业典礼结束的第二天

自從與逃離魔法世界的茵蒂克絲相遇後，上条當麻便接二連三地被捲入各式各樣的事件中。在上条不斷試圖解決統治學園都市的「科學」側與「魔法」側之間的衝突時，一群因為與上条接觸而使得命運大大改變的「英雄」們，也將再次挺身與世界對峙。當科學與魔法三度交鋒之時，故事將發生巨大的改變！