美国西海岸出现了原因不明的大规模停电，食品供应陷入危机。　　全世界都在指责停电是因为复制人，于是法令禁止再造复制人。　　为了拯救世界危机而出现的科学家华莱士(电影中由杰瑞德·莱托饰演)，开发了解决粮食困难的新生态系统，并开始着手研究新型复制。

本作品设定和时间轴均延续于TV系列。因第47话停止播放，成为超出TV系列的最终章，即格里芬篇的完结部分，以及由一话完结的原创故事组成。在其中，第12话「两人的轻井泽」采用了先录制对话，后制作画面的配声手法制作而成。此外，自纪念LD BOX以来，剧集的顺序与发售顺序不同。

在涅吉的带领下，全班同学都跟随依文进行着严酷的修行。当修行结束后，为了寻找涅吉的父亲纳吉，大家来到了涅吉的故乡威尔士！往魔法世界的大门开启，涅吉和同学们抱着轻松旅行的心情踏上了旅程。可是等待着他们

2024年，发生了MM制造公司"濑良野基因混合社"的社长绑架案。在收取赎金现场出现的凶犯，居然让自己脸部在所有监视纪录上留下了贴着笑面标志的影像后成功脱逃。案发后六年，"笑面男"的巧妙陷阱再度出现在网络社会中...　　封印已久的笑面男苏醒了，特A级黑客与九课的巅峰对决即将拉开帷幕！​（TV第1季的总集篇）