轉眼間，暑假即將結束，被判定為「無能力者」的上条當麻和自稱為「禁書目錄」的修女茵蒂克絲之間的故事還在繼續。隨著羅馬正教的登場，魔法世界的紛爭延燒到了學園都市，而潛伏在學園都市背後的黑暗也蠢蠢欲動。當科學與魔法交織之時，他們的故事即將展開！

耗日持久的战争结束了，大地虽然满目疮痍，但总算迎来了短暂的平静，一片苍白的静默之中，地球进入了“衰退期”，历史的车轮倒转，整个世界停摆了。童年时代，深空彼方（金元寿子 配音）曾在一片废墟之中邂逅了一位神秘的女子，女子用手中的小号吹奏了《奇异恩典》，被美妙音乐吸引的彼方开始对小号发生了兴趣。　　长大后，彼方加入了军队，被编入1121小队，在那里，她成为了一名通信兵。外表刚强内心柔软的和宫梨旺（小林优 配音）、个性傲娇不会轻易低头的墨埜谷暮羽（喜多村英梨 配音）、冷漠的天才少女寒凪乃绘留（悠木碧 配音）、

在少年支仓孝平（小野大辅 配音）的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。　　很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华（神田理江 配音），娇小害羞的东仪白（峰岸由里香 配音），沉默冷静的红瀬桐叶（鸣海绘里香 配音），这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也

东京，池袋西口公园。位于这所通称“池袋WestGatePark”公园附近的水果店家的儿子·真岛诚，接连解决了涉及黑道的犯罪以及黑帮争夺地盘等警察无从下手的困难事件，人称“池袋的麻烦终结者”。在鱼龙混杂