与人共生的百万神明生存的神话世界。　　相隔了60年，这里进行著治国的秘女王交接仪式。然而，在缺少女子的秘女族中，作为男生的阿纳塔著女装出现在仪式上。可是，秘女王的下臣12神鞘把他牵连进革命当中，亚纳塔就这样背负著谋杀秘女王的罪名，和被追捕的身份。然后，他逃进了森林被巨木所吞食……　　另一方面，现代的高中生·日之原 革在学校被欺负，以及被亲密朋友所背叛，陷入了绝望的深渊。「来消灭我吧……」在这样想的瞬间，众神之国突然开阔在眼前！！　　已经解开了封印的众神之国，被卷入命运漩涡的少年革的异世界幻想曲

享保6年，将军吉宗下令设置了“意见箱”。藉由投递至意见箱的投书，新的奉行所诞生了。又名“虫奉行所”！为了保护人们免于遭受盘据江户的大虫所害，被选出的强者们大显神通。继承父亲的志向来到江户的菜鸟同心·仁兵卫！然而他还不知道虫奉行所令人惊讶的工作内容。