魔法。自從作為現實中的技術以來，已經超過了大約一個世紀。在國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」，有一對兄妹入學。身為魔術師卻有致命缺陷的劣等生哥哥，司波達也。一切完美無瑕的優等生妹妹，司波深雪。二人的學生生活經歷著一個接一個動盪不安的日子。政治團體「Blanche」的襲擊，九校戰中香港國際犯罪組織「無頭龍」的介入，大亞聯盟軍的對橫濱的入侵。之後出現會附身人類並改變其精神的魔物「寄生物」，以及USNA軍魔法師部隊「STARS」的總隊長安吉・希利鄔斯到來。在充滿波折的一年結

平凡中學生親身參與歷史上的重大時刻！藤子·F·不二雄筆下同名原著漫畫，30 年來首次改編為動漫影集。如果你能改變歷史會怎麼樣，就算只有一點點也好？阿凡回到過去，在重大歷史事件中默默拯救無辜性命。

廚師宮坂拓己為了新的工作，到了木造的公寓"あすトろ荘"面試。那裡是以供應早餐為特色的住所。因為引人憐愛的房東豪徳寺ミラ所做的料理令人無法忍受，住戶也希望招慕專業廚師來料理。面試時拓己對ミラ一見鐘情，臨時所做的炸竹莢魚也大受好評，作為廚師的生活就此開始。然而，那並不是平靜的日子。與各有特色的住戶有著比鄰居親密但不及家人距離感的情景之下，接連發生不可思議的現象。由於一個偶然的事件，拓己發現ミラ是宇宙人的秘密，他對ミラ的愛戀之情又會如何呢？再者，不可思議現象的謎題能否被解開呢？