“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分

在2008年，因為神秘勢力的出現，日本的動畫、遊戲、漫畫、音樂、鐵道、角色扮演等各種宅文化被排斥出去。商品被收容，宅文化被打壓，但人們卻不再抱有任何疑問，仿佛失去了自我。組織「SSC」負責維持秩序，壓迫著宅文化，宅族被認為已經滅亡——然而，一群奪回被封鎖的秋葉原、翻起反旗的人們出現了。年輕的革命者「宅英雄」——他對宅文化的熱愛超過一切，對秋葉原的熱愛超過一切。還有三位崇拜他的魔法少女——「Anarchy」「Blue」「Pink」。以2011年的日本為舞台，宅族們聚集在自由的

以奈葉收養的女孩薇薇歐為主角。故事講述了“JS事件”之後，曾經的空中王牌奈葉收起羽翼暫作休息，而剛進入魔法學校初等科的薇薇歐在掌握了魔法基本知識後，收到了奈葉和菲特贈送的專用法器“神聖之心”；而另一邊，自稱為“霸王”的神秘人物英格威特，正準備掀起一股新的波瀾……

　　讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来