位于东京西部的巨大“学园都市”。　　在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评

一個理應意外身亡的青年，以嬰兒姿態轉世到了異世界！結果被救國英雄──「賢者」梅林．沃夫特撿回家收養，並取名為「西恩」。西恩被當成孫子扶養長大，吸收了梅林畢生所學，練就出一身驚天本領。不過就在他十五歲的那年，梅林爺爺卻說：「忘了教他常識了！」因此，為了學習常識並結交朋友，西恩進入亞爾斯海特高等魔法學院就讀──

3年前，一座都市被『消滅』了！3年後，拓也接到委託，和神秘少女小雪前往人稱『失落之地』的消滅都市展開意想不到的旅程……