寄宿着昔日舰艇之魂的少女们，是谓“舰娘”。对于深海而来被称作敌对舰艇集群“深海栖舰”的异形敌人，舰娘是唯一能同他们对抗的存在。她们投身于战斗，保卫着人们和大海。然而，面对深海栖舰压倒性的数量优势，舰娘们非死即伤，战局不断倒向深海一方。此时，驱逐舰“时雨”被编入了一支新的舰队。这支舰队被称为“第一游击部队 第三部队”（1YB3H）。但此舰队几乎能用“东拼西凑”来形容：舰队成员仅有被配置于后方的旧式战舰“山城”、“扶桑”，唯一的航空巡洋舰“最上”，以及四艘驱逐舰。作为集

一名街头流浪儿在一个科技和形体改造泛滥的夜之城中挣扎求生，一无所有的他成为一名“边缘行者“（亦被称为“赛博浪客”的法外佣兵）来维持生计。

為了支付實現願望的代價，魔法少女們今天也在不為人知的地方持續戰鬥著。但是環伊呂波，卻忘記了自己當初的願望。"成為魔法少女時，我到底許了什麼願望呢？"空洞的日常生活，彷彿失去了什麼重要的東西一般，在不清楚理由的狀態下，持續著每一天的奮鬥。在這個時候，魔法少女之間開始散播著某個傳言：「去神濱的話，魔法少女就能獲得拯救。」魔法少女和傳言的交集之地—神濱市。追尋著失去的願望，環伊呂波的故事即將開始…

凉是本故事的男主角。他出生于日本的横须贺。他的母亲在他三岁就去逝了，因此由父亲芭月巌抚养成人，当然直到父亲被蓝帝所杀。他和他家名叫福生的门卫在一起，福生同时也是他父亲的学生。凉从小就开始训练芭月流的武