15歲少年櫻庭音操在原因不明的情況下，被迫參加一場名為「死神遊戲」的死亡遊戲，如果想要活下來，就必須完成「死神」交待的任務。不只如此，原本熟悉的澀谷街道上還出現了名為「雜音」的怪物。音操必須努力存活過七天的時限，與其他參加者一同設法逃離緊追身後的死亡威脅...

「貫穿苦惱、抵達喜悅 ―― L.V. 貝多芬」音樂是照亮人心的光 ―― 突然之間，那份『光』被世界給奪走，自黑色隕石『黒夜隕鐵』從天空中降下的那晚，世界樣貌因此改變。黑色隕石當中出現了異形的怪物『D2』，開始將大地與人們蹂躙。D2 被人們演奏的歌曲所吸引，最終『音樂』被視作為禁忌。但是，反抗那些怪物的反抗者挺身而出。以音樂作為力量的少女們 ――『MUSICART』。她們的身上寄宿著人類史上殘留的偉大歌劇、歌曲的樂譜，利用這股力量擊敗 D2。然而，指揮並引導她們的便是『指揮家』。

在葉佩特斯半島有著700年歷史的大國—奧爾坦西亞王國。雖然四周的國度因垂涎其豐饒的土地，使其無數次暴露在侵略的威脅之下，但是歷史王國的兩大公國奧利維耶公國及科美利亞公國化為王國的劍與盾，使王國長期免於戰火。但是在聖王曆767年12月5日，科美利亞公國突然背叛了奧爾坦西亞王國。科美利亞公國的叛變，以及與這場叛變同時現身的魔物，使得奧爾坦西亞王國陷入混沌的時代……在戰火連天的時代，受到各種命運所擺弄的騎士們。從悲劇拉開序幕的宿命繼承及戰鬥，如今正式展開。

作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知