遙遠的未來，由於人類過度開採地球資源，地球變得荒蕪而不再適合人類居住。人類在尋找新能源時發現了「熔岩燃料」，但「熔岩燃料」的開採會吸引來半機械生命體「叫龍」的攻擊。為對抗叫龍，倖存的人類發明了人形戰鬥機甲「FranXX」，並將男孩和女孩訓練成「操縱者」，配成一對共同駕駛 FRANXX 與叫龍作戰。其中一名男孩廣在過去被視為神童。但他在一次失敗後變得無法駕駛 FRANXX，這讓他失去生存的欲望，直到他遇見一位被稱為「02」的謎之少女...

　　2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出

　　住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。　　之后，裕太与旧电脑里显现出来的“HyperAgent·古立特”相遇了。　　古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自