培育只有女性能使用的兵器「Infinite Stratos（IS）」操縱者的學校「IS 學園」裡，聚集了世界各地而來的少女，以 IS 候補生身分，每天努力不懈…但明明是男生，卻能夠操縱 IS 的「織斑一夏」被強制進入「IS 學園」就讀。當然，他的周圍全都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能使用 IS 的男性」感到興趣。一夏波瀾萬丈的學校生活就此展開！？

　　只有被選上的人才能操縱的「案山子」，據說是神的分身而受人祭祀。就在此時，東京這個大都市竟然陸續出現離奇死亡案件!!究竟是人類所為？還是…

大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧