培育只有女性能使用的兵器「Infinite Stratos（IS）」操縱者的學校「IS 學園」裡，聚集了世界各地而來的少女，以 IS 候補生身分，每天努力不懈…但明明是男生，卻能夠操縱 IS 的「織斑一夏」被強制進入「IS 學園」就讀。當然，他的周圍全都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能使用 IS 的男性」感到興趣。一夏波瀾萬丈的學校生活就此展開！？

精靈──那是個有著清純少女外表、來自異世界的存在，她們有著強大的力量而成為人們畏懼的對象。想讓他們喪失力量只有兩個方法：一是用武力來殲滅她，又或者是──與精靈約會，使之嬌羞!就讀來禪高中、普通到不行的高中生五河士道，以與精靈〈十香〉的相遇為契機，讓他「封印精靈的力量」的能力因此覺醒。為了拯救她們，投入以生死為賭注、和精靈們的〈戰爭約會〉。