2014年，讨厌机械的高中生·夏目亮为了改变自己而迈出了那一步。然而，他却死于卡车之下——。然后2030年的东京港湾，潜入了未知兵器“EX-ARM”的交易现场的警察·上园美波与人造人·阿尔玛这一搭

阿尔比恩王国由于共和革命而分裂。被巨大的墙壁分断的首都伦敦，东侧由王国、西侧由共和国统治，成为各国间谍活跃的暗影战争最前线。　　革命之后10年，王国名门梅菲尔女王校出现了以女高中生为伪装、身为共和国间谍而活动的5名少女。阻止了女王暗杀未遂事件，结束了在卡萨布兰卡休养的她们，接到了Control下达的新指令。　　以这一任务为契机，5名少女——Team白鸽开始被卷入动摇全国的巨大漩涡中——。