由於陸地被不明生物「魔甲蟲」佔領，人類只能住在空中的浮遊都市裡。唯一能跟「魔甲蟲」對抗，只有名為「空戰魔導士」的魔法師。彼方·英司原本是浮遊都市「密斯特崗」的優秀空戰魔導士，卻因為不明原因轉為後方支援科的人員，還被視為叛徒。某天，英司被任命為最差三人小隊「E601小隊」的教官，四個人與魔甲蟲的戰鬥就此開始！

超大型武器．OBJECT，它的出現立刻改寫戰爭的常識。戰車、戰鬥機這些過去戰場上的主角，全都成為「舊世代武器」；至於普通的機槍、砲彈、飛彈等等，簡直和玩具槍沒什麼兩樣。被派遣到戰場的留學生庫溫瑟，在整備基地與OBJECT操縱者米琳達相遇，一同以士兵的身份對抗超大型兵器OBJECT。