深雪的同班同學北山雫，前往USNA（北美利堅大陸合眾國）留學了。在這個時代，為了避免遺傳基因——即軍事資源外流，政府限制高階魔法師出國。雫能夠一反禁令獲准的原因，在於「交換留學」制度。安潔莉娜．庫都．希爾茲。這名金髮碧眼的留學生，取代遠赴美國深造的雫，前來就讀魔法科高中。達也看見她的瞬間，就察覺到她的「真面目」。莉娜的真實身分，是匹敵大規模破壞兵器的戰略級魔法師「十三使徒」之一，USNA魔法師部隊「STARS」總隊長——安吉．希利鄔斯少校。美軍最強的魔法師來到魔法科高中。達也將如何排除這個「火種」

有230万人口，其中八成人口为学生的「学园都市」，是比其他地区科技更为先进，并从事「超能力开发」的特殊地区。而整座学园都市中仅有七人的等级5超能力者之一御坂美琴，由于她的能力与个性使然，因而被卷入了学