魔法。自從作為現實中的技術以來，已經超過了大約一個世紀。在國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」，有一對兄妹入學。身為魔術師卻有致命缺陷的劣等生哥哥，司波達也。一切完美無瑕的優等生妹妹，司波深雪。二人的學生生活經歷著一個接一個動盪不安的日子。政治團體「Blanche」的襲擊，九校戰中香港國際犯罪組織「無頭龍」的介入，大亞聯盟軍的對橫濱的入侵。之後出現會附身人類並改變其精神的魔物「寄生物」，以及USNA軍魔法師部隊「STARS」的總隊長安吉・希利鄔斯到來。在充滿波折的一年結

統合曆2099年--新宿市。在達到究極發展的未來都市中，傳說的魔王ベルトール再次降臨。巨大都市國家輝煌繁榮和...以及隱藏在背後的淒慘黑暗。為了支配新世界，魔王將活躍於未來！

「為什麼每個人都不記得原本的世界了……！」由五種族爭奪地表霸權的大戰，最後由英雄希德領軍的人類拿下勝利，時至今日。然而，在少年凱伊面前，這樣的世界卻突如其來地遭到「覆寫」。凱伊在被覆寫的世界當中所目睹的，竟是沒有英雄希德而導致人類於五種族大戰敗退後的景象──不僅支配地表的種族換成龍族和惡魔，凱伊更是成了被全人類遺忘的存在。不過，在與神祕少女鈴娜相遇後，凱伊下定決心要親手打破這般遭到改寫的命運。在沒有英雄的世界裡，他繼承了英雄希德之劍和武技，向統治世界的強大敵方種族開戰──