有一个与地球不同次元，名为「疫苗界」的地方是个和平稳定、四季如春的世界。某天封印在那里的病毒大王「暗魔」跑了出来往地球的方向逃亡正为此事烦恼的疫苗界女神「玛雅」命令见习守护兽「麦丸」去抓暗魔及暗魔所生出来的病毒回来。于是在对于其他次元的事完全无知的地球中，出现了一个不怎么有名的新人角色扮演偶像─中原小麦。她今天刚好在池袋一个会场工作，而奉命追逐病毒却反而被攻击受伤的麦丸突然从空中掉下来，被小麦抱住的麦丸因为感受到她爱的力量，于是将魔法手杖交給小麦，说明了一切事情原委。虽然小麦对这件突如其来的事情感到困惑，

二十世纪初的日本太正时代，自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。　　随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。然而，这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。　　为了对抗从地底出现的强大魔物“降魔”，陆军成立了由将校中的灵能者组成的特殊部队——对降魔部队，成员即“二刀二剑”的4位继承者：米田一基，持有 “神刀·灭却”；山崎真之介，持有“光刀·无形”；藤枝菖蒲，持有“神剑·白羽鸟”；真宫寺