皇缠（诹访彩花 配音）是一名平凡的初中二年级女生，从小就离开了父母，和祖父母过着相依为命的生活，皇缠因此格外渴望亲情，也渴望着看似一成不变但实际上充满了小确幸的平静生活。草薙由麻（大空直美 配音）

100 年前、 因為板塊位移的因素， 使得日本多數的國土沉入海中。為了確保領土的控制，沿岸都市接踵而立，最後成為了由航線相互連接的海洋都市。隨著海上交通的流量遽增，維護航線安全也變得刻不容緩。在這種條件下，維護海洋安全、由女性所擔當的「藍色人魚」，成為了多數女學生們所憧憬的目標。為了能成為藍色人魚，兒時玩伴岬明乃與知名萌香和眾多女孩一樣進入了橫須賀市的海洋高中就讀，學習著相關的知識和技能。在兩人第一次的海上演習中，故事就此展開。

12年前，在利姆加爾德王國發生的大事件，所有人神秘失蹤而留下了一個巨大的謎團。隨著時日經過人們已日漸忘卻。時光流轉，羽依和蕾娜兩個沒有血緣關係的姐妹在艾納斯特利亞皇國度過著平穩的日常。某天，一台巨大機體襲擊了艾納斯特利亞。以這一天為分界線，少女的命運被捲入了漩渦當中。