公元2059年，航行中的Macross Frontier迎來了偶像歌手雪露・諾姆舉辦的銀河巡迴演唱會的最後一場，少女蘭花李去看偶像的演唱會……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪獸的攻擊，蘭花的兄長奧茲馬受命率領S.M.S的VF-25緊急迎戰，可是新統合軍仍然節節敗退。並且有宇宙怪獸突破了防線，攻入Macross Frontier衛星內部，威脅著少女蘭花的生命，這時候，有一架受損的VF-25戰機出現在飛行候補生早乙女的面前……

“东京决战”一年后，布里塔尼亚少年鲁路修在11区（原日本国）过着平凡的学生生活。但是，鲁路修与弟弟罗洛的一次出行，遇到了黑色骑士团的余党。在与少女C.C再次结成契约之后，尘封的记忆摆在了鲁路修的面前。