自黑船事件十余年后，闭关锁国的德川幕府正迎来剧烈的变革时刻。倒幕志士群雄并起，幕府派则加大倾轧力度，一时间山河动荡。少年剑客绯村剑心（佐藤健 饰）为了开辟万民自由的新时代，投身至长州藩倒幕军团首领桂小五郎（高桥一生 饰）麾下，并逐渐成长为诛杀清除那些阻挠倒幕之人的急先锋。一时间刽子手拔刀斋的威名传遍京都，而他偶然杀掉的下级武士，却在他的脸颊上留下了第一道无法消退的伤疤。不久之后，剑心邂逅忧郁沉默的女孩雪代巴（有村架纯 饰）。巴留在倒幕志士聚集的场所帮佣，在这一过程中她似乎也让始终绷紧心弦的剑心放松下来。但

明治时代初期，挫败了志志雄一伙的阴谋之后，曾经的刽子手拔刀斋绯村剑心（佐藤健 饰）终于和阿薰（武井咲 饰）、左之助（青木崇高 饰）等朋友们迎来了短暂的和平时光。然而曾经那个混乱时代所种下的因，终究要在和平的土壤里开出血色之花。隆隆的炮声击碎了表面的宁静，一伙亡命狂徒向东京发起攻击。领头人名叫雪代缘（新田真剑佑 饰），他正是当年在剑心的面颊和心灵深处留下永久伤疤的雪代巴（有村架纯 饰）的弟弟。姐姐之死让雪代缘从此走向修罗的复仇之路。而剑心也不得不迎头而上，与内心的原罪做出一个了断……

为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感到自身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他强迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知消息的薰、左之助（青木崇高 饰）则匆匆向东京赶去。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首领四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆斩棘，将迎来

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心（佐藤健 饰）已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通（宫泽和史 饰）将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也 饰）当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。大久保死后，深感背负不可推卸责任的剑心只身上路，在途中不仅偶遇京都女忍卷町操（土屋太凤 饰），还在新月村和志志雄有了第一次的遭遇。与此同时，相乐左之助（青木崇高 饰）、神谷薫（武井咲 饰）、明神弥彦（大八木凯斗

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）登场。寄居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲 饰）和周边庶民的平和生活之中。然而武田欲壑难平，为了保护善良的人，剑心不得