真嗣與零與EVA初號機一併遭到凍結。遭到廢棄的要塞都市、被監禁的NERV相關人員、被空投至教義區的EVA六號機與隨行的EVA八號機及其駕駛，終於齊聚一堂。命運早已註定的人們的故事，究竟會通往何種結局？

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，

1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内

11岁的小学6年级女孩宫浦桃子（美山加恋 配音）在父亲意外去世后，随母亲郁子（优香 配音）从东京迁到了濑户内海的汐岛。忙碌的母亲无暇顾及桃子，令桃子在新环境中时常感到孤单无助。桃子一直保留着父亲只写下了“给桃子”这样开头的一封信，但是始终无法明白父亲想要通过信件传达给她的话 。 初到汐岛，桃子打开了阁楼里一个装着描绘妖怪画册的旧盒子，从此开始察觉到身边一连串不可思议的事情。“汐岛上一定存在着什么东西”，怀抱着这样想法的桃子，在汐岛奇异而热闹的夏天里邂逅到的竟会是……？