蹂躪海洋的神祕敵人「深海棲艦」。心懷昔日的艦艇之魂，唯一能對抗此一威脅的「艦娘」們。在攸關艦娘們的據點「鎮守府」存亡的「MI作戰」中，雙方陷入死戰，所幸由於特型驅逐艦「吹雪」的活躍，艦娘們終於贏得勝利；然而在這場戰鬥之後，她們所面臨的戰爭卻越來越激烈。MI作戰成功之後，鎮守府的戰力開始進出南方海域，持續攻陷敵泊地，並逐漸擴大戰區。艦娘們將在新的前線基地集結，並為下一場作戰而準備。她們在戰鬥的...

围绕所有生命起源地——神圣湖泊格兰雷库，阿德兹联邦与托兰王国展开了旷日持久的战争，彻底摧毁了这里的祥和与宁静。阿德兹联邦野心勃勃，妄图称霸世界。在它强大武力的攻势下，托兰王国被逼上危险境地。关键时刻，

我们肩负着我们的思想，为新的未来而奋斗。　　地球遭到自称是泛银河统一帝国的神秘力量“乌尔加尔”的袭击，陷入了生存危机。　　兔子队由天生通过基因工程战斗的孩子、伊鹤、朝木、圭、玉木、骏河和昂热组成，他们使用最先进的战斗设备 AHSMB 进行战斗。　　他赢得了袭击乌尔加尔据点的决战，但伊鹤在战斗中受了重伤并陷入昏迷。　　朝木等人为伊鹤在战斗航母Godinion上的康复祈祷。　　与此同时，拥有乌尔加尔王室基因的迪奥娜出现并带领剩余的军队入侵地球。　　目标是睡在兔子母校格兰泽尔城市学院地下