水的星球「AQUA」，過去被稱為火星的這顆行星，被地球化改造已有150年，由於極冠部的冰融解情形比想中嚴重，地表的九成上都被海洋覆蓋，今日成為眾人皆知的水的星球。城市「新威尼斯」是以21世紀前半為止，存在於地球的義大利水都威尼斯為參考原型，所建造的港都，它們有一個代表城市形象的偶像行業，就是歷史悠久，專門帶觀光客遊覽的「領航員」。

新威尼斯迎來漫長的冬天。在寒冷的天空下，聚在一起練習的小愛、梓和阿尼亞，因為跟在與平常不太一樣的晃身後，所以前去參觀了領航員博物館。在那裡迎接她們的館長明日香，是姬屋的傳說水精靈，也是晃的大前輩。她們同時也是一艘從姬屋創業以來就代代傳承的寶貴貢多拉繼承者。但是根據晃的說法，深受大家期待、被看成是下一任船主的藍華卻不打算繼承。梓因為無法接受這個事實，於是開始尋找藍華不繼承的理由……

转入景部高中的迷之美少女——诗音，因为拔群的运动神经和天真烂漫的性格在学校中迅速成为了受欢迎的女孩子，实际上，她竟然是处于实验中的“AI”。诗音突然在孤独的里美面前唱歌，并试图用意想不到的方式让她收获

二零九二年的夏天，司波深雪與母親和哥哥來沖繩旅行。出生於魔法名門，將來被寄予厚望的她，有一個不擅長面對的人，那就是哥哥司波達也。然而與哥哥的關係，還有她對哥哥的心，所有一切將由於這個夏天而逐漸改變…

美里以及她的反NERV組織Wille來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。NERV的福音戰士群出現時，真理的EVA改八號機進行攔截，與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。

因時隔百年出現的奇居子，人類再次面臨滅亡危機。在融合個體白羽衣紬與操縱士谷風長道的活躍下，希德尼婭的人們享受了一段短暫的和平。 但是艦長小林明白，只要奇居子還在，和平的日子就不會長久。於是她發起了賭上人類存亡的最後決戰——為了保護所愛的人，希德尼婭的最後一場戰鬥終於開始。

接續前篇「Wandering; Agateram」內容，遍歷的騎士「貝德維爾」在迷惘後下定決心面對過去的戰友們，以及討伐曾經侍奉的王，騎士漫長旅途的終點即將劃下終點。

西曆2068年，位於銀河邊境的溫迪米爾王國與新統合政府之間的紛爭，因為瓦爾基里小隊的颯一行人以及戰術音樂小組Walküre的歌聲而平息。Walküre在弗蕾亞的故鄉溫迪米爾舉辦停戰紀念演唱會時，卻遭遇神祕戰鬥部隊海姆德爾的戰艦襲擊溫迪米爾的村莊。海姆德爾派出的虛擬人物及Sv-303無人可變型戰鬥機，更是將Walküre與Delta小隊玩弄於股掌之間。