美里以及她的反NERV組織Wille來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。NERV的福音戰士群出現時，真理的EVA改八號機進行攔截，與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。

西曆2068年，位於銀河邊境的溫迪米爾王國與新統合政府之間的紛爭，因為瓦爾基里小隊的颯一行人以及戰術音樂小組Walküre的歌聲而平息。Walküre在弗蕾亞的故鄉溫迪米爾舉辦停戰紀念演唱會時，卻遭遇神祕戰鬥部隊海姆德爾的戰艦襲擊溫迪米爾的村莊。海姆德爾派出的虛擬人物及Sv-303無人可變型戰鬥機，更是將Walküre與Delta小隊玩弄於股掌之間。