2059年，为了寻找适合居住的新天地，人类乘坐着移民飞船Macross Frontier开始了第25次的航行。在浩瀚无际的银河旅途中，他们遭遇了未知敌人巴吉拉的攻击。率领骷髅小队与在最前线迎战巴吉拉的队长奥兹马·李（小西克幸 配音）意外邂逅了和巴吉拉完全不同的神秘生命体。生命体向他们放送了某个船队的影像记录，新的冒险故事由此展开……

真嗣與零與EVA初號機一併遭到凍結。遭到廢棄的要塞都市、被監禁的NERV相關人員、被空投至教義區的EVA六號機與隨行的EVA八號機及其駕駛，終於齊聚一堂。命運早已註定的人們的故事，究竟會通往何種結局？

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，