被送到女高中生家的神秘包裹里，装有被称为“frame arms girl”的完全自律型小型机器人“轰雷”。轰雷是搭载人工自我、AS(Artificial Self)的最新型试作机。收集战斗数据，学习感情的轰雷和苍，奇妙快乐的日常开始！

魔王歸來！光和2年，世界以重組成的超合眾國為中心，過著和平的日子，但這份來之不易的和平卻十分短暫。朱雀作為蒙面人Zero，陪同娜娜莉探訪難民時遭遇不知名的敵對人型自在戰鬥裝甲騎襲擊，兩人最後被擄走。而另一方面，奉修奈傑爾密令潛入戰士之國－齊爾茨斯庫蒙王國的卡蓮、羅伊德和咲世子等三人也遭到了使用GEASS的敵人攻擊，此時他們遇見了同樣遭到襲擊的前團主C.C.。以曾經打敗過神聖不列顛尼亞帝國大軍的無敵王國為舞台，所要描繪出的是希望，還是絕望？熟知GEASS奧秘的齊爾茨斯庫蒙王室，以及C.C.究竟有什麼