2059年，为了寻找适合居住的新天地，人类乘坐着移民飞船Macross Frontier开始了第25次的航行。在浩瀚无际的银河旅途中，他们遭遇了未知敌人巴吉拉的攻击。率领骷髅小队与在最前线迎战巴吉拉的队长奥兹马·李（小西克幸 配音）意外邂逅了和巴吉拉完全不同的神秘生命体。生命体向他们放送了某个船队的影像记录，新的冒险故事由此展开……