利翁兹·奥马克与天人的战斗以真正的改革者刹那·F·清英等人的胜利拉上了帷幕。独立治安维和部队A-Laws解体，世界终于走向了和平。这样过了两年，西历2314年，表面上消失了的天人为了防止战争发生仍然在暗处活动着，这时，新的战争打响了信号。再次集结起来的高达驾驶员们乘坐着新式高达，开始了战斗！

在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后，地球圈取得了短暂的和平。　　这之后3年，宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。　　另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸

地下采掘不出化石燃料的克鲁森大陆。居住在这里的人们，从出生起就拥有着石英授予的能力——“魔力”！而故事的主人公莱卡特却是生活在这个世界里稀有的“没有魔力”的异类。某一日，莱卡特受到士官学 校的亲友现国王赫兹尔的召唤来到王都。奔赴王都的莱卡特从国王赫兹尔以及王妃西琼的口中得知，军事大国阿缇那斯联邦的领土侵犯以及领导前线部队的队长正是三人士官学校的好友——阿缇那斯军总司令官的弟弟赛斯，冲击性的事实让莱卡特动摇了。而随后，他被赫兹尔带到石英采掘场，这里有一台古人制造的机器人格雷姆，它利用石英作为动力驱动，但是至

浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。“你……在那里……吗？”有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。其