《苍蓝钢铁的琶音剧场版》讲述士官候补生千早群像和同伴们偶然登上了旧时大日本帝国海军的潜水艇“伊401”后发生的故事。男主角千早群像担任“伊401”的临时舰长，女主角伊欧娜则是“伊401”的拟人化形态。

从无尽的战斗之日当中拯救精灵们，度过平稳日常的五河士道。但，由于发出灵波的未知球体的出现，这一日常被打破——与此同时，一名神秘少女现身。一直目不转睛凝视士道的她究竟有何目的？在风起云涌的状况下，士道被