魔法。自從作為現實中的技術以來，已經超過了大約一個世紀。在國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」，有一對兄妹入學。身為魔術師卻有致命缺陷的劣等生哥哥，司波達也。一切完美無瑕的優等生妹妹，司波深雪。二人的學生生活經歷著一個接一個動盪不安的日子。政治團體「Blanche」的襲擊，九校戰中香港國際犯罪組織「無頭龍」的介入，大亞聯盟軍的對橫濱的入侵。之後出現會附身人類並改變其精神的魔物「寄生物」，以及USNA軍魔法師部隊「STARS」的總隊長安吉・希利鄔斯到來。在充滿波折的一年結束後，成為二年級生的兄妹兩人的生活，也有一些變化發生。來自四葉家的櫻井水波與他們一起同位，達也也轉至新成立的魔法工學科，通稱《魔工科》。本應該與深雪過著平靜的校園生活，但世界並不允許發生這樣的事...然後動盪日子再次開始。