本作品為《灰色的樂園》電視動畫的續作。日美聯合反恐組織「防衛省中央調查部諜報2科分室 」(CIRS）在海上油井爆炸事件後因被公之於眾而重組，以培育國防人才為目的開始與全國各地的學校合作，廢校後閒置的「美濱學園」為個人所收購，成為了「特殊技能訓練校」。校園中，因各種理由而失去容身之地的少女被授予武器。以國防的名義，她們被派遣執行一個又一個危險的任務。「我們被賦予在世界上的容身之處。但僅僅那樣是不夠的，躲在別人的背後活著毫無意義。所以依靠自己的力量，為生存而戰鬥。只有倖存者才有活著的資格。」無論遭受何等苦難，卻選擇拿起武器繼續戰鬥的少女，她們的未來是……特殊技能訓練學校「美濱學園」的狙擊手桐花，與民間委託型間諜人才培育組織「SORD」的成員們共同參加海外聯合訓練，沒想到竟被捲入一場祕密作戰，被迫變更計畫，參與追查聖愛爾外國人學校的逃脫者「惠」。然而，在執行任務期間，桐花下定決心認真面對與父母的記憶，以及與昔日友人志保之間未完成的約定，同時臆測惠的境遇，得出了某個答案…。