作品為《灰色的果實》電視動畫的續作，接續在《灰色的迷宮》電視特別版之後放映。在外界鮮為人知、以高聳圍牆與外界隔絕聯繫的美濱學園，本來只有五名學生，而且全部為女性，在轉學生也是唯一一名男學生雄二轉入後，便在這些有著獨特個性的女學生包圍下，過著和平又快樂的日子。 可是，隨著時間過去，在這些平淡日子的背後，美濱學園這五名女學生其實都有著無法向他人表達的晦暗過去，雄二於學校的這些日子中，逐漸接近這些女孩不為人知的秘密。