因時隔百年出現的奇居子，人類再次面臨滅亡危機。在融合個體白羽衣紬與操縱士谷風長道的活躍下，希德尼婭的人們享受了一段短暫的和平。 但是艦長小林明白，只要奇居子還在，和平的日子就不會長久。於是她發起了賭上人類存亡的最後決戰——為了保護所愛的人，希德尼婭的最後一場戰鬥終於開始。

　　曾几何时，神秘生物奇居子入侵太阳系，致使人类流离失所，只能乘坐行星般大小的巨型飞船希德尼娅流浪在茫茫宇宙中。如是过了漫长的一千年，而今希德尼娅的居民们已有一百年未曾遭遇奇居子，不过他们从未放松警惕

憑藉在假象訓練中培養出的優異能力，升格為正規操縱士的長道，在一次與奇居子的激戰中失去了戰友星白閑。在面對以模仿衛人星白機的最強敵人．紅天蛾為首的奇居子猛攻下，雖然一度陷入苦戰，最終還是渡過小行星撞擊危機的希德尼婭，為了驅逐奇居子的巢穴，決定前往雷姆恆星系……