公元2067年，以銀河系邊境的星系為中心，能令患者喪失自我而狂暴化的神秘疾病「瓦爾綜合症」正在逐漸擴大。察覺事態嚴重性的星間複合企業為了鎮靜這種症狀，將少女組成的戰術音樂組合「Walküre」與執行共同作戰的「Δ部隊」編成到一起。另一方面，「風之王國」中被稱作「空中騎士團」的「謎之Valkyrie部隊」開始行動。在「原始文化的遺產」之謎的交錯當中，超越星系的熱切戀情與友情的物語開幕……

劇情原設定是前作80年後，但因為後來《MACROSS PLUS》、《MACROSS 7》及《MACROOS F》的推出，本作的故事越來越無法承擔超時空要塞系列編年史的作用，於是本作被稱作平行世界的說法開始流行。

故事发生在第一次地球联合战争爆发8年以后。随着越来越多的资深驾驶员在残酷的战斗中丧身，政府下令十几岁的少年也必须参军。在这样的时代背景下，年轻的联合军驾驶员工藤シン驾驶着爱机F-14出战。在一次战斗中

本作品是由OVA《超時空要塞Plus》為基礎重新剪輯並加入新畫面所製作而成的。

人類與傑特拉帝人在第一次星間戰爭之後握手言和。2038年從地球派出第37次超長距離宇宙移民船團－新Macross級超大型船團7號（NMCV-007）前往太空深處尋找適合人類生活的星球，直到2045年遇見神祕的原始惡魔軍團……

西曆1999年，一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現，這顆「隕石」原來是一艘擁有超越地球人類科技的巨型宇宙戰艦。明白告訴了地球人類，在地球以外還有其他高智慧的生物存在，而且更有可能是一些比起地球人類身高高五倍，以戰爭為生之巨人。於是各國政府拋開國家之間的利害關係，成立整合世界現有國家的單一人類政府，並開始重建這艘代號為ASS-1（Alien Star Ship-1）的外星太空船。重建的10年期間，雖然決定組成地球統合宇宙軍，但地球各地亦發生了很多為利害衝突而展開的激烈戰爭。在戰爭

故事讲述了西历2067年，在人类会失去自我并泼辣化的怪病——"狂暴化症候群"蔓延的银河边境之地。 而作为对抗手段而结成的战术音乐组合「WALKÜRE」为了以歌声平定"狂暴

西元2059年，玻璃防護籠罩下的日常，載有數千萬人的第25號巨型移民團——「馬克羅斯拓荒船隊」，正朝著銀河中心前進，尋找人類新天地，不料竟遭未知重機甲生命體「伐折羅」的突襲。在S.M.S的拚命抵抗，以及銀河最強歌姬雪露諾姆與少女蘭花李的攜手合作下，戰爭終於結束。續集故事發生在終戰幾個月後，各自懷抱著夢想的三人，仍在逐夢路上成長：努力想成為明星的蘭花、面對死亡預感仍不改目標的雪露，以及可變型戰鬥機駕駛的有人也想要有所成長。然而，看似平靜的日子卻沒有持續多久，暗處陰影開始蠢蠢欲動。握有秘密，並貪婪地想

西元2059年，玻璃防護籠罩下的日常，載有數千萬人的第25號巨型移民團——「馬克羅斯拓荒船隊」，正朝著銀河中心前進，尋找人類新天地。處於演藝生涯巔峰的銀河最強歌姬雪露諾姆，來到此船團舉辦巡迴演唱會。憧憬雪露，懷抱歌手夢的女孩蘭花李，以及夢想在真實天空翱翔，有著公主般美貌的少年早乙女有人，三人因命運的牽繫在演唱會現場相遇。但未知的威脅卻在此時襲擊演唱會，臨危受命的少年，為愛而唱的少女，將在璀璨星河的光芒中，交織出震撼銀河的傳說。

公元2059年，航行中的Macross Frontier迎來了偶像歌手雪露・諾姆舉辦的銀河巡迴演唱會的最後一場，少女蘭花李去看偶像的演唱會……在宇宙中，Macross Frontier突然遭到了身份不明的宇宙怪獸的攻擊，蘭花的兄長奧茲馬受命率領S.M.S的VF-25緊急迎戰，可是新統合軍仍然節節敗退。並且有宇宙怪獸突破了防線，攻入Macross Frontier衛星內部，威脅著少女蘭花的生命，這時候，有一架受損的VF-25戰機出現在飛行候補生早乙女的面前……

西曆2068年，位於銀河邊境的溫迪米爾王國與新統合政府之間的紛爭，因為瓦爾基里小隊的颯一行人以及戰術音樂小組Walküre的歌聲而平息。Walküre在弗蕾亞的故鄉溫迪米爾舉辦停戰紀念演唱會時，卻遭遇神祕戰鬥部隊海姆德爾的戰艦襲擊溫迪米爾的村莊。海姆德爾派出的虛擬人物及Sv-303無人可變型戰鬥機，更是將Walküre與Delta小隊玩弄於股掌之間。