美里以及她的反NERV組織Wille來到巴黎，這裡被核心染成紅色，奇蹟號戰艦的船員降落在安全塔上，他們只有720秒能修復這個城市。NERV的福音戰士群出現時，真理的EVA改八號機進行攔截，與此同時，真嗣、明日香和零（暫稱）在日本的土地上徘徊。

出擊的EVA暫定五號機、被分發部屬的EVA二號機與其駕駛、消滅的EVA四號機。強制進行的EVA三號機啟動實驗，以及自月球飛來的EVA六號機與其駕駛。逐漸崩潰的碇真嗣的故事，究竟會通往何種結局？

令半數人類死亡的「第二次衝擊」發生15年後，14歲的少年碇真嗣被父親碇源堂召來第三新東京市，要求他駕駛初號機與使徒對抗。雖然他採取反抗態度，但在看到要替補他的女性駕駛員綾波零的傷勢後，終於決意出擊……

真嗣與零與EVA初號機一併遭到凍結。遭到廢棄的要塞都市、被監禁的NERV相關人員、被空投至教義區的EVA六號機與隨行的EVA八號機及其駕駛，終於齊聚一堂。命運早已註定的人們的故事，究竟會通往何種結局？

　　突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV