神世紀301年，升上國中三年級的結城友奈，仍然像一名普通女學生一樣，過著平凡的校園生活。但實際上，她作為學校中“勇者部”的社團成員，與其他社員一起暗中保護著這個世界。她們在名為“大赦”的組織領導下，與被稱為“維特斯”的外界生命體戰鬥著。結城友奈和同伴們必須通過“勇者系統”完成變身，並以“封印之儀”的力量才能打敗這些強大的敵人。在上一年中，結城友奈打敗了強大的維特斯，世界暫時恢復了和平。但在這天，大赦來到了部員東鄉美森的家中，告訴她危機還沒有結束。